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1.

Revisiting the origins of the Sobemovirus genus: A case for ancient origins of plant viruses.

Ghafari, Mahan; Sõmera, Merike; Sarmiento, Cecilia; Niehl, Annette; Hébrard, Eugénie; Tsoleridis, Theocharis; Ball, Jonathan; Moury, Benoît; Lemey, Philippe; Katzourakis, Aris; Fargette, Denis.

PLoS Pathog; 20(1): e1011911, 2024 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38206964

2.

Four principles to establish a universal virus taxonomy.

Simmonds, Peter; Adriaenssens, Evelien M; Zerbini, F Murilo; Abrescia, Nicola G A; Aiewsakun, Pakorn; Alfenas-Zerbini, Poliane; Bao, Yiming; Barylski, Jakub; Drosten, Christian; Duffy, Siobain; Duprex, W Paul; Dutilh, Bas E; Elena, Santiago F; García, Maria Laura; Junglen, Sandra; Katzourakis, Aris; Koonin, Eugene V; Krupovic, Mart; Kuhn, Jens H; Lambert, Amy J; Lefkowitz, Elliot J; Lobocka, Malgorzata; Lood, Cédric; Mahony, Jennifer; Meier-Kolthoff, Jan P; Mushegian, Arcady R; Oksanen, Hanna M; Poranen, Minna M; Reyes-Muñoz, Alejandro; Robertson, David L; Roux, Simon; Rubino, Luisa; Sabanadzovic, Sead; Siddell, Stuart; Skern, Tim; Smith, Donald B; Sullivan, Matthew B; Suzuki, Nobuhiro; Turner, Dann; Van Doorslaer, Koenraad; Vandamme, Anne-Mieke; Varsani, Arvind; Vasilakis, Nikos.

PLoS Biol; 21(2): e3001922, 2023 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36780432

3.

Six reference-quality genomes reveal evolution of bat adaptations.

Jebb, David; Huang, Zixia; Pippel, Martin; Hughes, Graham M; Lavrichenko, Ksenia; Devanna, Paolo; Winkler, Sylke; Jermiin, Lars S; Skirmuntt, Emilia C; Katzourakis, Aris; Burkitt-Gray, Lucy; Ray, David A; Sullivan, Kevin A M; Roscito, Juliana G; Kirilenko, Bogdan M; Dávalos, Liliana M; Corthals, Angelique P; Power, Megan L; Jones, Gareth; Ransome, Roger D; Dechmann, Dina K N; Locatelli, Andrea G; Puechmaille, Sébastien J; Fedrigo, Olivier; Jarvis, Erich D; Hiller, Michael; Vernes, Sonja C; Myers, Eugene W; Teeling, Emma C.

Nature; 583(7817): 578-584, 2020 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32699395

4.

Ecological and evolutionary dynamics of cell-virus-virophage systems.

Nino Barreat, Jose Gabriel; Katzourakis, Aris.

PLoS Comput Biol; 20(2): e1010925, 2024 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38377113

5.

Purifying Selection Determines the Short-Term Time Dependency of Evolutionary Rates in SARS-CoV-2 and pH1N1 Influenza.

Ghafari, Mahan; du Plessis, Louis; Raghwani, Jayna; Bhatt, Samir; Xu, Bo; Pybus, Oliver G; Katzourakis, Aris.

Mol Biol Evol; 39(2)2022 02 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35038728

6.

Evolutionary Analysis of Placental Orthologues Reveals Two Ancient DNA Virus Integrations.

Nino Barreat, Jose Gabriel; Katzourakis, Aris.

J Virol; 96(22): e0093322, 2022 11 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36300941

7.

Discovery of novel papillomaviruses in the critically endangered Malayan and Chinese pangolins.

Nino Barreat, Jose Gabriel; Kamada, Anselmo Jiro; Reuben de Souza, Charles; Katzourakis, Aris.

Biol Lett; 19(1): 20220464, 2023 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36596463

8.

COVID-19: endemic doesn't mean harmless.

Katzourakis, Aris.

Nature; 601(7894): 485, 2022 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35075305

9.

Phylogenomics of the Maverick Virus-Like Mobile Genetic Elements of Vertebrates.

Barreat, Jose Gabriel Nino; Katzourakis, Aris.

Mol Biol Evol; 38(5): 1731-1743, 2021 05 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33481003

10.

Human Endogenous Retrovirus-K HML-2 integration within RASGRF2 is associated with intravenous drug abuse and modulates transcription in a cell-line model.

Karamitros, Timokratis; Hurst, Tara; Marchi, Emanuele; Karamichali, Eirini; Georgopoulou, Urania; Mentis, Andreas; Riepsaame, Joey; Lin, Audrey; Paraskevis, Dimitrios; Hatzakis, Angelos; McLauchlan, John; Katzourakis, Aris; Magiorkinis, Gkikas.

Proc Natl Acad Sci U S A; 115(41): 10434-10439, 2018 10 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30249655

11.

Molecular epidemiology reveals the role of war in the spread of HIV in Ukraine.

Vasylyeva, Tetyana I; Liulchuk, Mariia; Friedman, Samuel R; Sazonova, Iana; Faria, Nuno R; Katzourakis, Aris; Babii, Nataliia; Scherbinska, Alla; Thézé, Julien; Pybus, Oliver G; Smyrnov, Pavlo; Mbisa, Jean L; Paraskevis, Dimitrios; Hatzakis, Angelos; Magiorkinis, Gkikas.

Proc Natl Acad Sci U S A; 115(5): 1051-1056, 2018 01 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29339468

12.

Cell-Derived Viral Genes Evolve under Stronger Purifying Selection in Rhadinoviruses.

Aswad, Amr; Katzourakis, Aris.

J Virol; 92(19)2018 10 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29997213

13.

Mass infection is not an option: we must do more to protect our young.

Gurdasani, Deepti; Drury, John; Greenhalgh, Trisha; Griffin, Stephen; Haque, Zubaida; Hyde, Zoë; Katzourakis, Aris; McKee, Martin; Michie, Susan; Pagel, Christina; Reicher, Stephen; Roberts, Alice; West, Robert; Yates, Christian; Ziauddeen, Hisham.

Lancet; 398(10297): 297-298, 2021 07 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34245669

14.

Time-Dependent Rate Phenomenon in Viruses.

Aiewsakun, Pakorn; Katzourakis, Aris.

J Virol; 90(16): 7184-95, 2016 08 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27252529

15.

Phylogenetic Analysis Reveals That ERVs "Die Young" but HERV-H Is Unusually Conserved.

Gemmell, Patrick; Hein, Jotun; Katzourakis, Aris.

PLoS Comput Biol; 12(6): e1004964, 2016 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27295277

16.

The first endogenous herpesvirus, identified in the tarsier genome, and novel sequences from primate rhadinoviruses and lymphocryptoviruses.

Aswad, Amr; Katzourakis, Aris.

PLoS Genet; 10(6): e1004332, 2014 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24945689

17.

Human endogenous retrovirus (HERV) expression is not induced by treatment with the histone deacetylase (HDAC) inhibitors in cellular models of HIV-1 latency.

Hurst, Tara; Pace, Matthew; Katzourakis, Aris; Phillips, Rodney; Klenerman, Paul; Frater, John; Magiorkinis, Gkikas.

Retrovirology; 13: 10, 2016 Feb 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26852322

18.

Host or pathogen-related factors in COVID-19 severity? - Authors' reply.

Okell, Lucy C; Verity, Robert; Katzourakis, Aris; Volz, Erik M; Watson, Oliver J; Mishra, Swapnil; Walker, Patrick; Whittaker, Charlie; Donnelly, Christl A; Riley, Steven; Ghani, Azra C; Gandy, Axel; Flaxman, Seth; Ferguson, Neil M; Bhatt, Samir.

Lancet; 396(10260): 1397, 2020 10 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33129392

19.

Have deaths from COVID-19 in Europe plateaued due to herd immunity?

Okell, Lucy C; Verity, Robert; Watson, Oliver J; Mishra, Swapnil; Walker, Patrick; Whittaker, Charlie; Katzourakis, Aris; Donnelly, Christl A; Riley, Steven; Ghani, Azra C; Gandy, Axel; Flaxman, Seth; Ferguson, Neil M; Bhatt, Samir.

Lancet; 395(10241): e110-e111, 2020 06 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32534627

20.

Larger mammalian body size leads to lower retroviral activity.

Katzourakis, Aris; Magiorkinis, Gkikas; Lim, Aaron G; Gupta, Sunetra; Belshaw, Robert; Gifford, Robert.

PLoS Pathog; 10(7): e1004214, 2014 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25033295

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